Microscopie – Analyses d’images

Responsables : Jean-Christophe Delpech and Alexandra Sere

Applications

• Immunohistochimie
• Hybridation in situ
• Imagerie à épifluorescence
• Imagerie en lumière transmisse
• Acquisition de champs larges automatisée
• Etude activité phagocytaire
• Comptage épines dendritiques

Appareillages

Microscopes

• Zeiss Axio Observer7 avec apotome3, système LED colibri 7, AI sample finder, équipé d’une caméra Axiocam 305 couleur et d’une caméra Axiocam 712 mono fluo (logiciel Zen avec Intellesis+ImAnalysis modules)
  
  
• Leica Med IHC-MICR-0,5 équipé d’une caméra digitale Nikon DXM1200 (logiciel Nikon ACT-X) et un Olympus BX51TF-5
  
  
• Nikon Eclipse E400, équipé d’une caméra Hamamatsu orca-R² et d’un piezzo (logiciel Nikon NIS Element AR)
  
  
• Microscope Olympus BX51TF équipé pour Lucia d’une caméra digitale Nikon
• DXM 1200 et pour Mercator d’une caméra digitale PixelLink et de capteurs de position X,Y
• Plateforme BIC : macroscope, confocal, multiphoton, FRET, FRAP, STED, PALM, logiciel metamorph, …

Logiciels d’analyse d’images

Zen avec Intellesis analysis module (approche d’analyse avec machine learning)
Image J/Fiji (software gratuit analyse d’images)
Imaris (analyse d’image en 3D – images acquises en fluorescence), Lucia (morphologie, niveaux de gris),
Mercator (cartographie, stéréologie)
Metamorph